Le Mangekyô Sharingan est l'évolution supérieure du Sharingan. Selon Fugaku Uchiha, seule une poignée d'Uchiha sont parvenus à s'éveiller à cette pupille, dans toute l'histoire du clan. Il semblerai que pour obtenir ses yeux, il faille assister à la mort brutale de quelqu'un de vraiment très proche (un parent, ou un meilleur ami...).

A ce jour nous avons pu voir à l’œuvre différentes formes de Mangekyô Sharingan.  La forme d’un Mangekyô Sharingan diffère en fonction de son possesseur. A noter que ces pupilles, en plus de consommer énormément de chakra, à beaucoup trop les solliciter, diminuent l'acuité visuelle de son utilisateur, jusqu'à le rendre aveugle.

Version Madara	Version Kakashi	Version Itachi

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Version Izuna	Version Shisui	Version Sasuke

Comme le Sharingan, il existe également une évolution au Mangekyô Sharingan. Si son possesseur s'octroie et se greffe une autre paire de Mangekyô Sharingan, ceux-ci "fusionnent" et permettent d'obtenir un Eien Mangekyô Sharingan (Mangekyô Sharingan Eternel) dont l'utilisation ne rend plus son possesseur aveugle. A ce jour, seul Madara et Sasuke sont connus pour avoir obtenus ces pupilles.

Version Madara	Version Sasuke

S'éveiller à ces pupille offre des pouvoirs exceptionnels à son possesseur.

Tsukiyomi

Amaterasu

Effets : Ninjutsu surpuissant, un feu sombre se dirige vers tout ce qui se trouve dans la ligne de mire de la pupille, et embrase tout. On dit que ce feu ne s’estompe que lorsque tout ce qu’il consume est réduit en cendres.

Utilisé par Itachi : 

Apparition : Volume 42 , Chapitre 389 : il utilise cette technique contre Sasuke, pour le capturer dans ses flammes sombre et s’emparer de ses yeux.

Utilisé par Sasuke :  Il semble exceller dans la maîtrise de ce Dôjutsu. Il est capable de pouvoir estomper les flammes noires, de les contrôler et d'y appliquer un changement de forme. Il en a fait un élément à part entière comme le Katon qu'il nomme l'Enton.

Apparition : Volume 45, Chapitre 414 : Sasuke utilise cette technique, contre le Hachibi, lors de sa capture. Sasuke parvint toutefois, à éteindre les flammes de l'Amaterasu, pour capturer vivant le Hachibi.

Volume 50, chapitre 464 : Sasuke pour résister aux redoutables assauts du Raikage, entoure son Susanoo des flammes de l'Amaterasu, et les dirige vers son assaillant.

Susanoo

Effets : Sorte d’invocation qui entoure l’utilisateur, lui offrant non seulement une défense totale et parfaite grâce au miroir de Yata, qui repousse n'importe quel type d'attaques; mais également une redoutable force de frappe, puisque dans la main droite de l’invocation se trouve la redoutable épée de Totsuka. Epée spirituelle enchantée par un très puissant Fûin No Jutsu, sans réelle forme physique, qui lorsqu’elle transperce sa cible, l’emprisonne dans une puissant Genjustu pour l’éternité. A noter que le Susanoo possède plusieurs formes, sous sa forme complète, il possède également une surpuissante attaque à distance, le Magatama de Yasaka, où des magatama sont projetés comme des shuriken.

Utilisé par Itachi : 

Apparition : Volume 42, chapitre 391, Itachi l’utilise face à Sasuke, qui, pousser dans ses derniers retranchements, libère Orochimaru. Orochimaru se fera emprisonner immédiatement par l’épée Totsuka.

Volume 58, chapitre 551, Itachi utilise le Susanoo complet contre Nagato pour pulvériser son Chibaku Tensei à distance grâce aux projections de Magatama de Yasaka. 

Utilisé par Sasuke :  Sous sa forme complète, l'attaque à distance du Susanoo diffère quelque peu, il ne projette pas de Magatama comme le Susanoo complet d'Itachi ou de Madara, mais une gigantesque flèche tiré d'un arc en forme de Magatama.

Apparition : Volume 49, chapitre 463, Sasuke use de Susanoo face au Raikage, pour se protéger de sa redoutable attaque Raiga Bomb. 

Volume 51, chapitre 478, Sasuke forme un Susanoo complet lors de son affrontement face à Danzou, et l'attaque à distance à l'aide des gigantesques flèches.

Utilisé par Madara : 

Apparition : Volume 59, Chapitre 563, Madara ressuscité, utilise un Susanoo parfait, et son attaque à distance les Magatama de Yasaka lors de son affrontement face aux cinq Kage durant la quatrième guerre mondiale Shinobi. 

Kamui

Effets : Jutsu spatio/temporel, qui permet la téléportation vers une autre dimension de la cible que vise la ligne de mire de la pupille, permet également une distorsion de l’espace/temps. A noter que la dimension dans laquelle le Kamui envoie les choses, et la dimension du Jikûdan Ido de Tobi, sont une seule et même dimension.

Utilisé par Kakashi: 

Apparition : Volume 31, Chapitre 276 : il créait une distorsion de l’espace/temps en visant le bras le Deidara, et le réduit ainsi à néant.

Volume 31, Chapitre 278 : il téléporte Deidera dans une autre dimension.

Jikūkan Idō

Effets : Jutsu spatio/temporel, qui s'apparente au Kamui de Kakashi. Via son oeil, l'utilisateur peut absorber toute chose à l'intérieur d'une dimension qui lui appartient. Il permet également à son utilisateur de s'absorber lui même, pour se téléporter soit dans sa dimension, soit dans n'importe quel autre lieu de son choix. A noter également que ce Dôjutsu lui confère une pouvoir de matérialisation ou dématérialisation de son corps. Ainsi il peut rendre son utilisateur totalement intangible, toutefois s'il souhaite porter une attaque physique, l'utilisateur se doit de lever cette intangibilité.

Utilisé par Tobi : 

Apparition : Volume 48, Chapitre 453 : Tobi se téléporte en direction de Sasuke, pour lui faire part de son échec concernant la capture du Hachibi, qui n'était autre qu'un kawarimi (une substitution). 

Volume 48, chapitre 453 : Sasuke attaque de plein fouet Tobi avec son Chidori, mais il ne fait que le traverser littéralement sans même lui administrer le moindre dommage.

Volume 50, chapitre 467 : Lors de l'attaque à la réunion au sommet des 5 Kage, Tobi intervient in extremis pour sauver Sasuke, il l'absorbe dans son oeil et l'envoi dans sa dimension, avec Karin, pour qu'elle lui administre des soins tranquillement.

Koto Amatsukami

Effets : Genjutsu surpuissant, qui permet de pénétrer l'esprit de sa cible et de lui commander ce que l'on souhaite sans qu'elle s'en rende compte.

Utilisé par Shisui :  A noter qu'Itachi était en mesure d'utiliser ce Dôjutsu, car Shisui lui légat un de ses yeux avant sa mort, il implanta cet oeil dans un de ses corbeaux. Danzô fut également capable d'utiliser ce Dôjutsu en s'octroyant l'autre de Shisui.

Apparition : Volume 49, chapitre 459, Danzou qui détient un des yeux de Sishui, utilise ce Genjustu contre Mifune lors de la réunion au sommet des cinq Kage, afin de lui suggérer de créer une alliance shinobi et de le nommer au commandement de cette alliance. 

Volume 58, chapitre 550, Itachi implanta un des yeux de Shisui dans un de ses corbeau qu'il transmit à Naruto. Lors de sa résurrection grâce à l'Edo Tenseï, afin de pouvoir échapper à son contrôle par Kabuto, Itachi qui croise le chemin de Naruto et commence à l'affronter, fait sortir le corbeau qu'il lui transmit auparavant, et s'inflige ainsi lui même le Koto Amatsukami qu'il réservait à son petit frère. Ayant la commande "protège Konoha" Itachi brisa le contrôle de l'Edo Tenseï et bascula du côté de l'alliance

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